Autoimmun reakciók számos módon válthatók ki:

• A szervezet valamely, normális esetben helyhez kötött (így az immunrendszer elől elrejtett) alkotórésze véráramba kerül. Például a szemet ért ütés folytán a szemgolyóban lévő folyadék a véráramba juthat. A folyadék antigénjei aktiválják az immunrendszert.
• A szervezet egyik normális alkotórésze pl. vírus, gyógyszer, napsugárzás vagy sugárzás hatására megváltozik. A megváltozott alkotórész idegennek tűnhet az immunrendszer számára. Például egy vírus a szervezetben megfertőzi, és ez által megváltoztatja a sejteket. A vírusfertőzött sejtek támadásra késztetik az immunrendszert.
• Idegen molekula kerülhet a szervezetbe, amely hasonlít a szervezet egyik saját molekulájára. Az immunrendszer pedig véletlenül nemcsak az idegen molekulát, hanem a szervezet hasonló saját molekuláját is megtámadja.
• Az ellenanyag-termelésért felelős sejtek - pl. a B-limfociták (fehérvérsejt típus) - hibásan működnek, és rendellenes antitesteket termelnek, amelyek megtámadják a szervezet bizonyos sejtjeit.

Néhány autoimmun betegség kialakulásában az öröklődés is szerepet játszhat. Inkább a hajlam, mint maga a betegség öröklődik. A hajlamos egyénekben egy kiváltó tényező (vírusfertőzés vagy szövet-károsodás) indítja el a betegséget. Hormonális tényezőknek is szerepe lehet, mivel számos autoimmun betegség gyakrabban fordul elő nőkben.

Az autoimmun megbetegedések gyakran járnak lázzal. A tünetek azonban nagymértékben a betegségtől, és az érintett szervektől függnek. Némely autoimmun betegség a szervezet bizonyos típusú szöveteit érinti (pl. erek, porcok bőr). Más autoimmun kórképek egy meghatározott szervet sújtanak. Gyakorlatilag bármely szerv, többek között a vesék, tüdők, szív és az agy is érintett lehet. A következményes gyulladás és szövetkárosodás fájdalmat, deformált ízületeket, gyengeséget, sárgaságot, viszketést, nehézlégzést, folyadékfelszaporodást (ödémát), delíriumot és akár halált is okozhat.

Az autoimmun betegség vérvizsgálattal diagnosztizálható. A vörösvérsejt-süllyedés gyakran fokozott, mert a gyulladás miatt termelődött fehérjék megváltoztatják a vörösvérsejtek eloszlását a vérben. A vörösvérsejt szám jellemzően csökkent, amely vérszegénységet okoz. Vérvizsgálattal különböző antitestek is kimutathatók; ezek egy része jellemző az autoimmun betegségekre. Ilyenek a sejtmagot megtámadó antinukleáris antitestek és a reumafaktor.

A kezelés lényege az autoimmun reakciók kordában tartása az immunrendszer elnyomásával. Az autoimmun reakciók megfékezésére alkalmazott gyógyszerek többsége azonban rontja a szervezet ellenálló képességét a betegségekkel, különösen a fertőzésekkel szemben. Tüneti kezelésre is szükség lehet.

Gyakran adnak immunrendszer-gyengítő gyógyszereket (immunszuppresszánsokat), például azatioprint, ciklofoszfamidot, ciklosporint vagy metotrexátot, amelyeket általában szájon át és sokszor hosszú időn keresztül alkalmaznak. E gyógyszerek azonban nem csak az autoimmun folyamatokat gátolják, hanem a szervezet idegen anyagok, ideértve a fertőzést okozó mikroorganizmusok, valamint a daganatsejtek elleni védekezőképességét is. Következésképp, megnő a fertőzések és bizonyos daganatok kialakulásának veszélye.

Gyakran kortikoszteroidokat (pl. prednizon) adnak, általában szájon át. E szerek nemcsak az immunrendszert gyengítik, hanem a gyulladást is csökkentik. A kortikoszteroidok hosszú ideig tartó szedése számos mellékhatást eredményez. Ha csak lehetséges, a kortikoszteroidokat rövid ideig adják - azaz a betegség kezdetén, vagy a tünetek rosszabbodásakor. Előfordul azonban, hogy a kortikoszteroidokat tartósan kell szedni.

Az etanercept és infliximab gátolják a szervezetben gyulladást okozó tumornekrózis faktor (TNF) hatását. E gyógyszerek nagyon hatékonyak a reumatoid artritisz és a gyulladásos bélbetegség kezelésében, ám károsak is lehetnek, ha egyéb autoimmun folyamatok kezelésében (pl. szklerózis multiplex) alkalmazzák őket.

Néhány autoimmun betegség kezelésére plazmaferezist használnak. A rendellenes antitestek eltávolítására a vért átszűrik, majd visszajuttatják a betegbe.

Némely autoimmun folyamat olyan megmagyarázhatatlanul múlik el, ahogyan kezdődött. A kórképek többsége azonban krónikus lefolyású. A tünetek ellen gyakran egész életen át kell gyógyszert szedni. A kórjóslat a betegségtől függően változik.